El videojuego Beyond: Dos Almas está formado por los capítulos que aparecen a continuación. El formato utilizado es el de flashbacks, con saltos temporales entre uno y otro, por lo que no aparecen de forma cronológica:
- Prólogo
- Capítulo 1: Rota
- Capítulo 2: El experimento
- Capítulo 3: La embajada
- Capítulo 4: La fiesta
- Capítulo 5: La primera entrevista
- Capítulo 6: Bienvenida a la CIA
- Capítulo 7: Perseguida
- Capítulo 8: Mi amigo imaginario...
- Capítulo 9: El condensador
- Capítulo 10: Sin techo
- Capítulo 11: La primera noche
- Capítulo 12: Como otras chicas
- Capítulo 13: Sola
- Capítulo 14: Navajos
- Capítulo 15: Separación
- Capítulo 16: La cena
- Capítulo 17: Sesión nocturna
- Capítulo 18: La misión
- Capítulo 19: Viejos amigos
- Capítulo 20: Norah
- Capítulo 21: Instrucciones
- Capítulo 22: Guarida del dragón
- Capítulo 23: Tormentos
- Capítulo 24: Sol negro
- Epílogo